Korupcijas novēršanas un apkarošanas biroja darbu vada priekšnieks, kuru ieceļ amatā uz pieciem gadiem pēc Ministru kabineta ieteikuma. 2017. gada 15. jūnijā Korupcijas novēršanas un apkarošanas biroja priekšnieka amatā Saeima iecēla Jēkabu Straumi. 2022. gada 9. jūnijā Saeima iecēla J. Straumi Korupcijas novēršanas un apkarošanas biroja priekšnieka amatā uz otro termiņu.
Korupcijas novēršanas un apkarošanas biroja priekšnieks ir atbildīgs par iestādes noteikto funkciju efektīvu izpildi, lemj jautājumus par lietu izskatīšanas un lēmumu pieņemšanas piekritību, nosaka amatpersonu un darbinieku pienākumus, tiesības un uzdevumus, kā arī apstiprina iestādes darbību reglamentējošos iekšējos normatīvos aktus un iesniedz Ministru kabinetā nepieciešamo valsts budžeta līdzekļu pieprasījuma projektu.
Korupcijas novēršanas un apkarošanas biroja priekšniekam ir trīs vietnieki – vietnieks izmeklēšanas darbību jautājumos, vietnieks operatīvo darbību jautājumos un vietnieks stratēģijas un politikas plānošanas jautājumos.